Ejdern är en av de största dykänderna och mäter 60–70 cm. Den är kraftigt byggd med kort hals, stort huvud utan knöl och en lång kilformad näbb som är fjäderbeklädd på sidorna, från näbbasen fram till näsborrarna.

Ejderns huvudprofil är karaktäristisk och näbben bildar en rak linje mot pannan, speciellt hos nominatformen mollissima medan andra underarter som borealis kan uppvisa en mer markerad panna, se nedan. De fjäderklädda näbbsidorna lämnar två bara kilar som sträcker sig upp mot ögat från övernäbben. Dessa kilar sväller hos hanarna i varierande utsträckning under parbildning och häckning och krymper sedan igen. Kilarnas form är karaktäristisk för vissa underarter.

Precis som andra havsfåglar har ejdern saltkörtlar för att kunna göra sig av med saltet i det vatten som det dricker. Beroende på salthalt i vattnet där de lever så blir dessa körtlar olika stora vilket delvis kan förklara skillnad i huvudprofil mellan olika underarter. Exempelvis har norska häckfåglar mer markerad panna än danska, eftersom de lever i saltare vatten, vilket också syns på skelettet. Detta var anledningen att Brehm 1831 beskrev den norska populationen som den egna underarten norwegica. Även brittiska ejdrar har en mer markerad panna än de som lever i Östersjön, medan mer arktiska populationer har en mindre markerad panna då salthalten i havet minskar på grund av smältvatten. Det ska tilläggas att salthalten i vinterkvarteret spelar lika stor roll. Även de uppsvällda näbbkilarna förändrar fågelns profil varför en markerad panna syns bättre utanför häckningstiden då de krympt tillbaka igen. Honor hos alla underarter har en mer markerad panna än hanen på grund av avsaknaden av näbbkilarna.

Ejderns vingar är breda, korta och små i förhållande till kroppen. Vingspannet ligger på 95–105 cm. Ejdern väger 1.915-2.218 kg. Underarterna Faeroensis, dresseri, borealisoch norska mollissima är de minsta med en maximal vinglängd på 30 cm, medan svenska mollissima har ett maxmått på 31 cm och sedentaria, som är största har ett maxmått på 32 cm. Den liggande ejdern kan ibland resa två små "segel" på ryggen. Detta är ejderns nedre skapularer med utsvängda ytterfan vilka är vita hos den adulta hanen och mörktecknade hos subadulta hanar. Form och tendens till att lyfta dessa ytterfan skiljer sig åt hos de olika underarterna. Ejderns kroppsstorlek i förhållande till dess relativt små vingar och dess begränsade bröstmuskelmassa gör att den ligger nära gränsen för flygförmåga vid vindstilla förhållanden.

En adult hane i praktdräkt är typisk och kontrastrik med svart hjässa, övergump och buk. Näbbfärg och benfärg varierar hos underarterna från grågrön till orange och gul. Näbbspetsen är blek. Nacken är ljusgrön och har oftast upptill en vit glipa. Resten av kroppen är vit, med rödrosa anstrykning på bröstet. Adult hane i ellipsdräkt är mindre kontrastrik, mörkare och saknar det gröna nackpartiet. Honan är rostgrå och brun med svart tvärvattring och dess vingspegel kantas av två vita band som syns som två tvärstreck på den liggande fågeln. Juvenilen påminner om honan men saknar den vitkantade vingspegeln och är diffusare tecknad och har ett ljust ögonbrynsstreck.

De arktiska underarterna behåller sin praktdräkt längre än populationer längre söderut, ofta till slutet av juli hos borealis. Mollisima som häckar i Sverige och dressera ruggar vanligtvis till eklipsdräkt i början av juni och borealis behåller eklipsdräkten längre än mollissima, ibland till slutet av oktober, men individuella variationer är stora hos båda underarter. Svenska häckfåglar bär ofta praktdräkt från början av oktober, men vissa individer kan bära eklipsdräkten ända till midvintern. Honornas partiella ruggning verkar genomföras innan häckningen.